Simbologija GS1 DataMatrix se uporablja tudi za označevanje direktno na medicinske pripomočku.
S tem je omogočeno upravljanje dragih medicinskih instrumentov od njihove uporabe, čiščenja, sestavljanja setov, sterilizacije do ponovne uporabe.
Pri direktnem označevanju medicinskih pripomočkov/instrumentov zaradi omejene površine običajno uporabljamo identifikator za označevanje (osnovnih) sredstev GIAI.